Gravarna upptäcktes när Izium befriades i samband med den ukrainska motoffensiven i regionen Charkiv. Kropparna har bärgats mellan den 16 och 23 september. Arbetet anses nu vara avslutat.
"Alla kropparna vid massgravplatsen har nu grävts upp", meddelar den regionala åklagarmyndigheten på Facebook.
Enligt åklagarna rör det sig om kvarlevor efter 425 civila, däribland fem barn, och 22 ukrainska soldater.
Alla nödvändiga åtgärder kommer nu att vidtas för att "fastställa omständigheterna kring dödsfallen och straffa den ryska militären".
Charkivguvernören Oleh Synegubov uppger på sina sociala medier att merparten av personerna bär spår efter en "våldsam död" och att 30 verkar ha blivit torterade.
"Här finns kroppar med rep runt halsen, händerna bundna, brutna lemmar och skottskador", skriver han.
Enligt Synegubov har flera av männen fått "sina genitalier amputerade".
"Allt det här är bevis på den fruktansvärda tortyr som inkräktarna utsatt Iziums invånare för."