37-åriga Amelina skadades svårt i attacken mot pizzerian i tisdags. Hon avled av sina skador på ett sjukhus i staden Dnipro i lördags, uppger författarorganisationen i ett uttalande.
Amelina har sedan i fjol arbetat med att dokumentera krigsförbrytelser under det ryska anfallskriget mot Ukraina.
Hon befann sig i Kramatorsk med en delegation bestående av colombianska journalister och författare, skriver PEN. Delegationen åt middag på restaurangen när den ryska roboten slog ned. Colombianerna skadades lindrigt, enligt ett tidigare uttalande från organisationen.
13 personer, däribland flera barn, omkom i attacken. Minst 60 personer skadades, enligt ukrainska myndigheter.
Restaurangen i den ukrainskkontrollerade staden Kramatorsk har varit populär bland annat bland soldater, hjälparbetare och journalister.
Amelinas litterära verk har översatts till bland annat engelska, tyska, polska och spanska. Hon prisades med bland annat Joseph Conrads litteraturpris 2021 och nominerades som finalist till Europeiska unionens litteraturpris 2019.