"Ukrainarna visar sin hängivenhet till värderingar som frihet och demokrati varje dag på slagfältet mot den Ryska federationens terrorstat", skriver Zelenskyj på Twitter.
Europaparlamentets talman Roberta Metsola annonserade årets vinnare i kammaren på onsdagen.
– Priset är för de ukrainare som slåss på marken, för de som har tvingats fly, för de som har förlorat anhöriga och vänner, för de som står upp och slåss för det de tror på, sade hon.
– Jag vet att Ukrainas modiga folk aldrig kommer att ge upp, och det kommer inte vi heller göra.
Metsola konstaterade att det ukrainska folket i sammanhanget representeras av president Zelenskyj, av landets valda representanter och av civilsamhället.
Själva utdelningen sker 14 december i Strasbourg.
Sacharovpriset är EU:s främsta människorättspris och har delats ut sedan 1988. Det har fått sitt namn efter den ryske fysikern och dissidenten Andrej Sacharov. Prissumman är på 50 000 euro.
Övriga finalister i år var var yttrandefrihetsaktivisten Julian Assange samt Colombias sanningskommission, med uppdrag att utreda människorättsbrott under landets långa inbördeskrig.
I fjol prisades den fängslade ryske oppositionsledaren Aleksej Navalnyj.
