Fartygen lämnade Ukraina under måndagsmorgonen, skriver landets infrastrukturminister Oleksandr Kubrakov på Twitter.
"I dag har tolv fartyg lämnat ukrainsk hamn. Delegationer från FN och Turkiet har deltagit med tio inspektionsteam för att leva upp till spannmålsavtalet. Inspektionerna har godkänts av Ukraina. Den ryska delegationen har informerats", skriver Kubrakov.
Ryssland säger i ett uttalande via Kremls talesperson Dmitrij Peskov att det vore "farligt" att fortsätta utan Ryssland eftersom landet nu inte längre kan garantera säkerheten för fartygen.
Avtalet om att Ukraina under kriget ska kunna fortsätta att exportera bland annat spannmål slöts på initiativ av FN och Turkiet, och Turkiets president Recep Tayyip Erdogan säger att landet kommer att fortsätta ansträngningarna för att avtalet ska upprätthållas, trots helgens ryska besked.
"Tjäna mänskligheten"
I ett tal under måndagen sade Erdogan att landet kommer att fortsätta försöken att "tjäna mänskligheten".
Senare kom beskedet att Rysslands försvarsminister Sergej Sjojgu har pratat med sin turkiske motsvarighet Hulusi Akar om Rysslands beslut att lämna spannmålsavtalet.
"Frågor om att man dragit sig ur, från den ryska sidan, från genomförandet av överenskommelsen om export av jordbruksprodukter från Ukrainska hamnar som en del av 'Svarta havsavtalet' diskuterades", uppger det ryska försvarsdepartementet.
Det ryska försvarsdepartementet meddelar också att det vill ha "åtaganden" från Ukraina att inte använda spannmålskorridoren för militära ändamål, efter en attack i staden Sevastopol på Krim, där Rysslands Svartahavsflotta ligger.
Moskva har tidigare hävdat att drönare som användes vid attacken rörde sig i spannmålskorridorens säkerhetszon, men inga bevis för det har presenterats.
Putin sluggar vidare
Från amerikanskt håll anklagar man Ryssland för att genom kraven utöva utpressning på bekostnad av utvecklingsländer.
"Det du beskriver verkar vara antingen kollektiv bestraffning eller kollektiv utpressning", säger Ned Price, talesperson för USA:s utrikesdepartement.
Samtidigt skruvar Rysslands president Vladimir Putin upp tonläget ytterligare gällande säkerhetsläget vid Svarta havet.
"Ukraina måste garantera att det inte finns något hot mot säkerheten för civila fartyg", säger presidenten på en presskonferens enligt AFP.
FN meddelar samtidigt att ytterligare inspektioner ska göras, men att delegationerna numera består bara av FN och Turkiet, inte Ukraina eller Ryssland.