Myndigheten med bas i Haag är en del av EU:s beslut att utreda brott som kan ha begåtts efter den ryska invasionen av Ukraina.
– Vi förväntar oss att dataenheten är fullt fungerande i sommar, säger Eurojusts ordförande Ladislav Hamran.
– Den kommer att fullständigt förändra möjligheten att åtala internationella brott, fortsatte han på en pressträff på torsdagen när nyheten om datacentret lanserades.
Centret ska samla in och analysera information som åklagare i EU-länder och utomstående såsom USA och Storbritannien delger. Bilder, filmer och satellitupptagningar ska lagras, liksom vittnesmål.
Lagringen "kan visa systematiska handlingar" förutom att påvisa enskilda misstänkta brott enligt åklagare Hamran från Slovakien.
Kievs representant i myndigheten, Myroslava Krasnoborova, säger att information om över 71 000 misstänkta krigsbrott har samlats in. Ukrainska åklagare utreder 16 000 brott mot Ukrainas nationella säkerhet.