I ett uttalande sade Vatikanen att den 85-årige påven ser kriget i Ukraina som "vansinnigt, avskyvärt och vanhelgande".
Ukraina kallade till sig Vatikanens sändebud för att uttrycka missnöje över ett uttalande från påven sedan den ryska journalisten Darja Dugina dödats av en bilbomb. Dugina var en stark anhängare till den ryske presidenten Vladimir Putin.
Påven betecknade Dugina som "stackars flicka" efter mordet.
"Kommentaren från (påven) . . . ska ses som ett försvar för det mänskliga livet och inte som ett politiskt ställningstagande" skrev Vatikanen i ett uttalande på tisdagen.
"När det gäller krigets vidare omfång i Ukraina, ett krig som startats av Ryssland, så är påve Franciskus entydig och klar i sitt fördömande", fortsatte Vatikanen och valde sedan ord som moraliskt förkastligt och barbariskt om den ryska invasionen.