Människor som bor inom fem kilometer från depån evakuerades och järnvägstrafiken stoppades tillfälligt till följd av attacken, skriver Aksjonov på Telegram.
Uppgifterna om drönarattacken har inte kommenterats av Ukraina.
Krim, som i strid med internationell rätt annekterades av Moskva 2014, har varit måltavla under hela den ryska Ukrainaoffensiven, men attackerna har blivit fler de senaste veckorna.
Samtidigt har minst åtta civila dödats och fler andra skadats i ryska attacker i elva regioner runt om i Ukraina under natten till lördagen, enligt ukrainska myndigheter.