Myndigheterna försöker reda ut vad som ligger bakom.
Magellanpingvinerna har dött i Atlanten och förts med strömmarna mot Uruguay, enligt Carmen Leizagoyen på landets miljödepartement.
– 90 procent är unga exemplar utan fettreserver och med tomma magar, säger hon och lägger till att alla prover har visat negativt för fågelinfluensa.
Magellanpingviner häckar i södra Argentina. Under vintern på södra halvklotet vandrar de norrut på jakt efter mat och varmare vatten.
– Det är normalt att en viss procent dör, men inte så här många, säger Leizagoyen.
Förra året noterades en liknande massdöd i Brasilien, av fortfarande okända skäl. Enligt miljöorganisationer kan ökningen av pingvindödsfall bero på överfiske och illegalt fiske, men en svår cyklon kan också ha spelat in.