USA:s justitiedepartements anklagelser mot Biden rör vapenbrott och för att han 2017 och 2018 inte lämnade in sina inkomstdeklarationer.
Överenskommelsen med Hunter Biden och justitiedepartementet tillkännagavs i juni efter en lång utredning. Den innebar att 53-årige Biden skulle erkänna och straffas för små skatteförseelser. I utbyte skulle han slippa han åtal för vapeninnehav medan han missbrukade droger, vilket är ett allvarligare brott.
Men under onsdagens process sade domaren Maryellen Noreika – som har utsetts av USA:s expresident Donald Trump – att hon var bekymrad över språkvalet i avtalet. Försvaret fick sedan 30 dagar på sig att komma in med en förklaring till varför hon skulle acceptera överenskommelsen.
Beskedet, som innebär att avtalet har kollapsat, blev en överraskning eftersom uppgörelsen var ett resultat av nogsamt genomförda förhandlingar.
Efter att uppgörelsen blev känd i juni har Republikanerna kallat justitiedepartementet korrupt och ansett att Hunter Biden fått en "kompisdeal".
Inför presidentvalet 2020 var Hunter Biden en ständig måltavla för den dåvarande presidenten Donald Trumps kampanj. Han utpekades då för sitt alkohol- och drogmissbruk. Dessutom var Hunter Bidens styrelseuppdrag i ett ukrainskt gasbolag en het politisk fråga. Trump pressade Ukraina att utreda det sistnämnda, vilket sedermera ledde till att Trump ställdes inför riksrätt.