Challenger exploderade en dryg minut efter uppskjutning från Cape Canaveral i Florida, i januari 1986. Samtliga sju personer i besättningen omkom.
Vrakdelen är en av de största som hittats, enligt den amerikanska rymdstyrelsen Nasa. Den synliga delen av den är åtminstone fyra och en halv meter bred och beskrivs som välbevarad.
Upptäckten gjordes i våras, av två män vars hobby är att dyka efter efter historiska vrak. De blev förvånade när de insåg vad det var de hade hittat.
– Det svängde snabbt till en insikt om att "Ja, det här är en händelse som jag har upplevt. När det hände så minns jag exakt var jag var och att jag följde det på tv", säger den ene av dem, Mike Barnette.
Det har ännu inte avgjorts om delen av Challenger ska bärgas. Den väntas inte ge några nya svar om själva olyckan då orsaken sedan länge stått klar: gummitätning mellan rymdfärjans delar gick sönder på grund av kallt väder. Nasa uppger dock att det skulle kunna vara intressant att se hur materialet har åldrats på havsbotten.