Vita huset har uppgett att det inte finns några bevis för att en cyberattack har utlöst problemet. President Joe Biden säger att orsaken till felet är okänd och ska utredas.
– Jag har just talat med (transportminister) Buttigieg. De vet inte vad problemet är, säger Biden.
Pete Buttigieg skriver på Twitter att han står i kontakt med FAA och övervakar läget.
Personer inom flygbranschen kan inte dra sig till minnes något liknande omfattande avbrott sedan terroristattackerna 2001.
Föråldrat system
Datafelet inträffade sent på tisdagskvällen lokal tid i det datasystem som utfärdar flygvarningar, kallat Notam. Konsekvenserna av felet pekar på hur mycket det amerikanska flyget förlitar sig på systemet som av många kallas föråldrat.
Flygvarningarna rör allt från information om byggarbeten vid flygplatser till akuta flygrestriktioner. Innan internets tillkomst sköttes systemet över en så kallad "het linje" över telefon, som piloterna ringde till.
Samtliga flyg är kopplade till systemet och därmed har fler än bara de kommersiella flygen berörts.
Kvarstående problem
Ännu på onsdagsmorgonen, lokal tid, var 3 700 plan strandade. Både passagerar- och fraktflyget påverkades, däremot gavs plan som deltar i militära operationer och vissa medicinska flyg tillstånd att lyfta.
De flesta av förseningarna drabbade USA:s östkust.
Även efter att FFA lyft förbudet för samtliga inrikesflyg att lyfta uppmanade myndigheten resenärer att ta i beaktande att visst kaos kunde kvarstå.
På onsdagen försenades 30–40 procent av flygen på flygplatser i Chicago, Los Angeles, New York och Atlanta.
Inkommande utrikesflyg från Europa uppges dock inte påverkats nämnvärt.
Påverkar inte Swedavia
I Sverige har problemet inte haft någon påverkan på Swedavias flygplatser, enligt Ellen Laurin, pressansvarig på Swedavia.
– Vi följer ju utvecklingen noggrant och den information vi får från flygbolagen som har resenärer som är bokade. I dag har flygtrafiken inte påverkats av det här systemproblemet, sade hon tidigare på onsdagen till TT.