Videosekvenser som publicerats av Filippinernas kustbevakning visar hur kinesiska fartyg beskjuter filippinska båtar med vattenkanoner vid två tillfällen, ett i lördags och ett annat i söndags. Den ena incidenten ägde rum vid en omstridd atoll nära Spratlyöarna och den andra vid Scarboroughrevet, beläget i närheten av Luzonön.
Filippinerna och Kina anklagade varandra efter händelserna – som även inkluderade en kollision – och som är de senaste i raden av flera liknande incidenter.
Nu kallar regeringen i Manila upp det kinesiska sändebudet i landet, meddelar Filippinernas utrikesdepartement på måndagen.
Kinas ambassadör Huang Xilian komma att bli förklarad "pesona non grata", säger en talesperson.
"Nödvändiga åtgärder"
Det filippinska beslutet om att kalla upp Kinas ambassadör kommer kort efter det att USA fördömt Kinas agerande på Sydkinesiska havet under helgen.
"Dessa handlingar vittnar om likgiltig vårdslöshet inte bara för filippinsk säkerhet och försörjning, utan även för internationell rätt", säger det amerikanska utrikesdepartementets talesperson Matthew Miller i ett uttalande.
Kina hävdar att kustbevakningen "vidtog nödvändiga åtgärder", i enlighet med nationell och internationell rätt.
"Operationerna var professionella, återhållsamma, rimliga och lagliga", säger utrikesdepartementets talesperson Mao Ning.
Omstritt område
Kina gör anspråk på nästan hela Sydkinesiska havet, men även Brunei, Malaysia, Filippinerna, Taiwan och Vietnam anser att de har rätt till delar av de handelstäta farvattnen.
När Internationella skiljedomstolen i Haag 2016 slog fast att de kinesiska kraven i Sydkinesiska havet saknade rättslig och historisk grund avfärdade Kina domslutet.