Genomsökningen tog över 12 timmar och täckte "alla arbets-, boende- och förvaringsutrymmen i hemmet", enligt presidentens personliga advokat Bob Bauer. Dokumenten var både från Bidens tid som senator och som vicepresident medan anteckningarna var från tiden som vicepresident. Vilken klassificeringsnivå som gäller för dokumenten ska nu granskas av justitiedepartementet.
Biden insisterar på att han inte har gjort något fel och har sagt att det handlar om ett oskyldigt misstag.
FBI:s genomsökning gjordes i samförstånd med Joe Biden, men han och hustrun Jill var själva inte hemma.
Under en resa till Kalifornien i torsdags sade presidenten att han "samarbetar fullt ut och ser fram emot att få det här löst snabbt".
Garage och kontor
Enligt advokat Bob Bauer har FBI begärt att Vita huset inte ska kommentera genomsökningen innan den är avslutad och Bidens personliga advokater samt Vita husets advokater är närvarande.
Det är oklart om det blir ytterligare sökningar på andra platser. Tidigare har Bidens personliga advokater sökt igenom hans bostad i Rehoboth beach i delstaten Delaware, och har uppgett att de inte hittat några officiella eller hemligstämplade dokument där.
Tidigare har hemligstämplade dokument hittats bland annat i Bidens garage i Wilmington och vid Penn Biden Center i Washington, en tankesmedja som är kopplad till University of Pennsylvania där Biden tidigare varit hedersprofessor. Där har Bidens egen personal hittat dem.
"Snabbt och effektivt"
Justitieminister Merrick Garland har utsett den privata juristen och tidigare allmänna åklagaren Robert Hur till särskilt ombud för utredningen om eventuella missförhållanden kring Biden-dokumenten.
– Presidenten har från början varit fast besluten att hantera detta på ett ansvarsfullt sätt eftersom han tar det här på allvar, säger Vita huset-advokaten Richard Sauber under lördagen.
– Presidentens advokater och Vita husets advokatkontor kommer att fortsätta att arbeta med justitiedepartementet och ombudet, för att säkerställa att denna process genomförs snabbt och effektivt.
För att det ska handla om ett brott måste en person "medvetet ta bort" handlingar utan behörighet, och ha för avsikt att förvara dem på en "otillåten plats. Biden har tidigare sagt att han är "förvånad" över att hemligstämplade dokument hittats på Penn Biden Center.