De två omkom i det hus de sökt skydd i tillsammans med resten av familjen. Kropparna hittades i Wren, ett litet samhälle i Monroe County. Mamman och de andra två barnen har tagits till sjukhus, rapporterar NBC News som citerar den lokala polisen.
I den lilla staden Rolling Fork i västra Mississippi dog 13 människor i samband med ovädret.
– Förödelsen är enorm. Det är hemskt, säger rättsläkaren Angelia Eason till NBC News.
Staden är förstörd, enligt borgmästaren Eldridge Walker.
– Jag har aldrig sett något liknande, säger Brandy Showah, boende i Rolling Fork till CNN.
– Det här var en väldigt fin liten stad, och nu är den borta.
Befaras stiga
I en annan liten stad, Silver City nordväst om Jackson, omkom två män i ett hus under ovädret. Sökandet pågår efter människor som befaras sitta fast i förstörda byggnader.
Utöver dödsoffren uppges tiotals människor vara skadade, och minst fyra personer har rapporterats saknade, meddelar räddningstjänsten i Mississippi.
"Tyvärr befaras siffrorna ändras", skriver räddningstjänsten på Twitter.
I staden Amory, nära gränsen till Alabama, uppmanas invånare stanna hemma medan räddningstjänsten tar hand om skadorna efter ovädret.
Omfattande skador
Skadorna efter virvelstormarna, som drog fram under fredagsnatten lokal tid, uppges vara mycket omfattande. Nedrivna elledningar har lett till att tiotusentals personer står utan ström. På många håll har hustak och andra byggnader slitits sönder och träd dragits upp ur marken.
Ovädret har även fört med sig hagel stora som golfbollar över flera sydstater.
National Weather Service, NWS, uppger att tornador orsakade förstörelse i ett område omkring tio mil nordöst om Mississippis delstatshuvudstad Jackson. De svepte fram med en hastighet på över 110 kilometer i timmen, och rörde sig under natten till lördag mot Alabama med oförminskad styrka.
NWS varnar för att tornador innebär livsfara, bland annat i form av flygande bråte, och allmänheten uppmanas ta skydd. Särskilt mobila hem är utsatta.
Tidigt på lördagsmorgonen lokal tid låg tornadovarningar kvar för delar av östra Mississippi och norra Alabama.