Anledningen är att han vägrade att infinna sig för att vittna i en utredning om händelserna 6 januari i år, då kongressbyggnaden i Washington DC stormades.
Beskedet kom från USA:s justitiedepartement på fredagen.
Bannon hade kallats till kongressutredningen, då man ville veta om han hade information om eventuella kontakter mellan Vita huset och de demonstranter som valde att ta sig in i kongressen.
Justitiedepartementet formulerar två anklagelser om trots mot kongressen. Den första rör hans frånvaro vid utfrågningen, den andra handlar om att han vägrat att överlämna dokument till den kommitté som utreder händelsen.
Bannon stod länge Donald Trump nära, både under valrörelsen och under Trumps första tid som USA:s president.
Anklagelserna är mycket allvarliga, och innebär även att justitiedepartementets utredning kring händelserna den 6 januari går in i ett nytt skede.
Beskedet lämnades av justitieminister Merrick Garland, som poängterade att att man är "fast besluten" att se till att USA:s lagar följs.
De två anklagelserna mot Bannon kan leda till minst 30 dagars fängelse för var och en av punkterna; men vid fällande dom kan anklagelserna leda till upp till ett års fängelse.
Bannons advokat tillfrågades om en kommentar av nyhetsbyrån AP, men har ännu inte svarat.