De båda, som suttit fångna i 17 år, kommer att få sin frihet efter ett beslut som togs den 8 juni, enligt försvarsdepartementet.
En av dem misstänktes för att på hög nivå ha finansierat och försett terrornätverket al-Qaida med stridande medlemmar samt förmedlat livvakter till ledaren Usama bin Ladin. Enligt dokument har han torterats av underrättelsetjänsten CIA efter att han greps i Pakistan 2002. Mannen har aldrig formellt anklagats för brott.
Inte heller den andre mannen, en jemenitisk tjänsteman som även han misstänktes för att ha stött al-Qaida, har ställts inför domstol.
Ingen av dem verkar i dagsläget ha några extremistiska åsikter eller vilja delta i extremistisk verksamhet, och utgör därför inget hot, enligt de amerikanska dokumenten.
Ett 40-tal fångar är i dagsläget kvar på Guantanamo.
Rättad: I en tidigare version av texten angavs fel datum när beslutet togs.