Han ska dock inte ha några tydliga symptom. Vita huset beskriver hans insjuknande som ett "sällsynt återfall".
"Det här händer väldigt få människor. Jag har inga symptom men jag kommer att isolera mig för min omgivnings säkerhet. Jag är fortfarande i tjänst och kommer att vara tillbaka på banan snart", skriver presidenten i ett uttalande på Twitter.
Den 21 juli insjuknade Joe Biden i covid-19. Under sjukdomstiden hade han lindriga symptom som halsont och snuva.
Så sent som i onsdags meddelade presidentens läkare Kevin O'Connor att Biden var feberfri och precis hade avslutat sin behandling med covidläkemedlet Paxlovid.
Presidenten testades negativt både på tisdagskvällen och under onsdagen och behövde därmed inte längre isolera sig. De senaste dagarna har han arbetat som vanligt fram tills att han testade positivt på lördagen.
Joe Biden är sedan tidigare fullvaccinerad mot covid-19.