Milk tjänstgjorde som marinofficer i fyra år under 1950-talet innan han tvingades lämna sin post på grund av sin läggning.
Efter att en champagneflaska traditionsenligt krossats mot fartygets skrov tog USA:s marinminister Carlos Del Toro till orda.
– Alltför länge tvingades sjömän som löjtnant Milk in i skuggorna. Eller, än värre, tvingades lämna vår älskade flotta. Den orättvisan är en del av vår flottas historia, sade ministern.
Milk blev sedermera den första öppet homosexuella person som blev vald till ett politiskt ämbete i USA, han var ledamot i San Franciscos stadsfullmäktige. 1978 blev han mördad..
USNS Harvey Milk är ett av sex nya försörjningsfartyg som döpts efter framstående medborgarrättsaktivister. Även abolitionisten Sojourner Truth och suffragetten Lucy Stone har fått fartyg uppkallade efter sig.
– Fartygsnamn är viktiga eftersom de uttrycker vad vi värderar som flotta och som nation och kommunicerar de värdena till hamnar världen över, sade Del Toro.