"Vi är djupt bedrövade över att ha fått beskedet av lokala myndigheter, som nu bekräftar att tre människor mist sina liv i olyckan," skriver tågoperatören.
Tåget, som går under namnet The Empire Builder, var på väg från Chicago till Seattle. Omkring 146 passagerare och 16 anställda fanns ombord när sju av tågets tio vagnar spårade ur nära Joplin i Montana, enligt Amtrak.
En federal haveriutredning har inletts.
Rättad: I en tidigare version användes felaktig benämning på järnvägslinjen.