FBI åkte i juni till expresidentens bostad i Mar-a-Lago och fick då ett kuvert med 38 dokument som stämplats känsliga eller hemliga i olika grader. Dock hindrades den federala polisen från att söka igenom lådor som fanns i ett förvaringsrum.
Då försäkrade Trumps medarbetare FBI om att inga andra dokument förvarades i något kontor eller på någon annan plats på ägorna och att alla lådor hade sökts igenom.
"Försök gjordes troligen för att förhindra regeringens utredning", uppger justitiedepartementet nu i en skrivelse.
"Myndigheterna har också funnit bevis för att statliga dokument troligtvis gömdes och togs bort från förvaringsutrymmet", skriver departementet vidare, rapporterar amerikanska medier.
33 lådor
Vid razzian i expresidentens bostad i Mar-a-Lago den 8 augusti kunde FBI dock ta med sig 33 lådor med material. De innehöll mer än 100 hemligstämplade dokument. Bland annat fanns sådana på Trumps kontor.
Sammanlagt har över 320 säkerhetsklassade dokument hämtats från Mar-a-Lago, enligt justitiedepartementet, rapporterar CNN.
Tillslaget i Mar-a-Lago gjordes på grund av misstankar om att ytterligare dokument fanns kvar i fastigheten.
En bild på dokumenten visar flera dokument tydligt markerade med "top secret" eller "secret" på en matta i Mar-a-Lago.
Tvivlar på utfästelser
Att FBI vid tillslaget i augusti på bara några timmar hittade dokument med klassificeringsmärkningar som presidentens medarbetare hade haft flera veckor på sig att leta efter gör att justitiedepartementet tvivlar på de utfästelser som gjordes i juni.
I skrivelsen, där justitiedepartementet motsätter sig Trumps begäran om att FBI:s utredning ska pausas och att en neutral part ska granska dokumenten som togs i beslag, hävdar departementet att dokumenten tillhör regeringen, inte expresidenten.
Det har hittills inte framkommit någon förklaring till varför Trump haft kvar dokumenten efter att han lämnat Vita huset och varför han och hans medarbetare inte har velat ge tillbaka dem.
Rättad: I en tidigare version uppgavs fel månad på ett ställe i texten.