Justitieminister Merrick Garland har utsett den privata juristen och tidigare allmänna åklagaren Robert Hur till uppgiften.
Syftet är att ta reda på om upptäckten av de hemligstämplade regeringsdokumenten kan koppla Biden till brott.
Enligt Garland är det situationens "ovanliga omständigheter" – att utreda en sittande president – som motiverar den oberoende utredningen
Hittades i garage
Ett nytt fynd av hemliga dokument har hittats i Bidens bostad i Wilmington i delstaten Delaware, bekräftade Vita huset tidigare på torsdagen.
Representanthusets nyvalde talman, republikanen Kevin McCarty, förklarade snabbt därefter att "kongressen måste utreda detta".
Det rör sig om dokument som klassificerades som hemliga under Bidens tid som vicepresident. Beskedet om det nya fyndet kommer endast några dagar efter avslöjandet att sekretessbelagda handlingar hittats på en tankesmedja där Biden tidigare har använt ett kontor.
Enligt Joe Bidens rådgivare Richard Sauber har de nu aktuella dokumenten hittats i ett "förvaringsutrymme i Bidens garage i Wilmington".
Enligt Sauber underrättades justitiedepartementet "omedelbart" efter att dokumenten påträffats.
"Samarbetar fullt ut"
Efter torsdagens besked om det nya fyndet sade Biden att han "samarbetar fullt ut" med justitiedepartementet utredning. Han bekräftade också att det var jurister som hittat dokumenten i bostaden.
– De upptäckte ett litet antal dokument med hemligstämplade markeringar i förvaringsutrymmen och arkivskåp i mitt hem och i mitt personliga bibliotek, säger Biden och tillägger att han tar "hemligstämplade dokument och hemligstämplat material på allvar".
Vid en razzia i expresident Donald Trumps residens Mar-a-Lago i Florida i augusti i fjol, tog FBI med sig fler än 100 hemligstämplade dokument. Även det fyndet granskas av justitiedepartementet.