Beslutet, som fattades av en domstol enbart bestående av republikaner, kom drygt 30 timmar efter det att en domstol på lägre nivå beslutat att ge den 31-åriga kvinnan från Dallas ett tillfälligt skydd som innebar att delstaten Texas inte skulle tillåtas applicera sitt abortförbud mot henne.
I fredagens domslut skriver den högre domstolen att man tillfälligt avvisar det tidigare beslutet "utan att ha tagit hänsyn till de specifika omständigheterna".
Kvinnan i det aktuella fallet var gravid i 20:e veckan när hon bestämde sig för att lämna in vad som tros vara den första stämningsansökan i sitt slag sedan USA:s högsta domstol förra året rev upp Roe mot Wade-domen från 1973, som garanterade aborträtten.
Torsdagens dom från den lägre delstatsdomstolen gäller bara för det specifika fallet och inte för andra gravida kvinnor i Texas, som har en av de tuffaste abort-lagstiftningarna i hela USA.
Dallas-kvinnan, som har två barn sedan tidigare, fick reda på att hon var gravid för tredje gången i augusti. Några veckor senare mottog hon beskedet att fostret löpte stor risk för det så kallade trisomi 18-syndromet, som innebär en hög sannolikhet för missfall och dödfödsel.
Läkare har också konstaterat att fostrets tillstånd skulle kunna få allvarliga medicinska konsekvenser för modern.
Ken Paxton, republikansk delstatsåklagare i Texas, anser dock inte att hon når upp till kriterierna för ett medicinskt undantag från delstatens abortförbud och förordade därför ett snabbt agerande från den hösta juridiska instansen i delstaten.