USA införde 2018 sanktioner mot Deripaska till följd av Rysslands annektering av Krimhalvön fyra år tidigare, och hans nära band till det ryska styret. Han har själv formellt anklagats för att ha brutit mot sanktionerna.
Den anklagade agenten har tidigare jobbat för FBI:s kontraspionage och gick i pension 2018. Som specialagent övervakade han utredningar av ryska oligarker – inklusive Deripaska, enligt det amerikanska justitiedepartementet.
Han misstänks nu för att tillsammans med en före detta sovjetisk-rysk diplomat ha "konspirerat för att tillhandahålla tjänster till Deripaska", enligt åklagare.
Han anklagas på fyra punkter som vardera har ett maxstraff på 20 års fängelse.
Ex-agenten och ex-diplomaten greps i New York i lördags och en domstolsförhandling är planerad på måndagen.
Oleg Deripaska är grundare till en av Rysslands största industrigrupper, Basic Element, som fokuserar på bland annat på aluminium-, energi- och byggföretag.
Oligarken har också via sitt bolag Rusal ägarkopplingar till det svenska aluminiumbolaget Kubal i Sundsvall.
Han har tidigare anklagats för utpressning, mutor och kopplingar till organiserad brottslighet.