Weisselberg anklagas bland annat för att för att ha undanhållit miljonbelopp i skatt.
Efter att han handfängslad förts in i rättssalen nekade den 73-årige Weisselberg till anklagelserna. Kort därpå släpptes han mot borgen, men fick lämna ifrån sig sitt pass.
Tidigare under dagen hade Allen Weisselberg frivilligt överlämnat sig till myndigheterna.
Donald Trump åtalas inte. Men det nu aktuella åtalet är ändå ett bakslag för den republikanske expresidenten. Trump har tidigare kallat utredningen för en politiskt motiverad häxjakt.
Trump Organization är ett familjebolag som äger golfklubbar, hotell och lyxfastigheter.
Strax innan Donald Trump tillträdde presidentämbetet 2017 överlät han ledningen för företagsgruppen till sina två äldsta söner och till Allen Weisselberg.