Förflyttningarna till olika anläggningar kommer att fortsätta "för att säkerställa att obehöriga migranter snabbt omhändertas, bearbetas och flyttas från USA i överensstämmelse med våra lagar och regler", skriver DHS i ett uttalande.
Flygtrafiken till Haiti och andra destinationer ökas de närmaste dygnen för att hantera situationen, där tusentals har tagit skydd under en bro som går mellan Del Rio i USA och Ciudad Acuña i Mexico. Enligt uppgifter från båda sidorna av bron är de flesta av migranterna från Haiti.
Bruno Lozano, borgmästaren i Del Rio, sade under lördagen att över 14 000 migranter befann sig under bron.
DHS arbetar för att de länder där migranterna inledde sina resor, ofta Brasilien och Chile, ska ta emot dem igen.
Samtidigt har tiotusentals migranter på väg mot USA strandsatts i staden Tapachula i södra Mexiko, i väntan på dokument som behövs för att fortsätta. Många som har tröttnat på att vänta eller får slut på pengar försöker ändå ta sig igenom Mexiko och hoppas att inte fångas in av myndigheterna och skickas tillbaka till Guatemala.