Varuhuset Walmart och en närliggande närbutik i Tupelo evakuerades i samband med hotet.
Polisen uppger att piloten, som inte har något flygcertifikat, stal flygplanet. Han jobbade på en flygplats och har tagit några flyglektioner. Väl uppe i luften ringde han 911 och hotade att krascha planet.
Förhandlare övertygade piloten om att inte genomföra hotet. Då han inte hade erfarenhet av att landa flygplan fick han stöttning för att kunna göra det.
Flygplanet var i luften i flera timmar, men kunde sedan landa säkert, meddelade delstaten Mississippis guvernör.
"Situationen har lösts och ingen är skadad, skrev guvernör Tate Reeves på Twitter.
Leslie Criss, en tidningsredaktör som bor i Tupelo, vaknade upp tidigt och följde situationen på tv och sociala medier. Flera av hennes vänner var utomhus och såg planet cirkulera över staden.
– Jag har aldrig sett något liknande i den här staden. Det är ett läskigt sätt att vakna upp på en lördagsmorgon, säger hon.