De två ledarna samtalade på vardera sida av två stora rundade bord, där de satt tillsammans med tiotals medlemmar ur respektive delegationer.
– Vi uppskattar högt den balanserade hållningen vad gäller Ukrainakrisen från våra kinesiska vänner. Vi förstår också era frågor och er oro kring detta och kommer att förklara vår ställning till det i detalj under mötet i dag, fastän vi redan har pratat om det, sade Vladimir Putin inför mötet med Xi Jinping.
Ryssland uttryckte också sitt stöd till Kina vad gäller Taiwan, som Peking anser vara en del av Kina – trots öns självstyre.
– Vi håller fast vid principen om ett Kina och vi fördömer provokationerna från USA och deras satellitstater i Taiwansundet, fortsatte Putin.
"Främja solidaritet"
Xi Jinping säger i sin tur att Kina är redo att arbeta för att tillsammans med Ryssland axla rollen "som stormakter".
– Och ha en vägledande roll för att ingjuta stabilitet och positiv energi i en värld som skakas av social oro.
Efter mötet fyllde han i att han betonat att Peking vill arbeta med Moskva för att parternas respektive "kärnintressen" ska skyddas. Han vill dessutom att länderna tillsammans ska arbeta för att stärka gemenskapen inom grupper som det nu aktuella SCO.
– För att främja solidaritet och ömsesidig tillit mellan alla inblandade, utöka samarbeten och bygga ut säkerheten i regionen för att skydda gemensamma intressen.
Det ryska försvarsdepartementet uppger att ett första steg blir att utöka de ryska och kinesiska gemensamma militärövningarna.
"Stärks av sanktioner"
Före mötet med Xi Jinping träffade Putin även Irans president Ebrahim Raisi.
– På bilateral nivå utvecklas samarbetet positivt, säger Putin om relationen till Iran.
Iran, som deltar i toppmötet som observatörsland, har formellt lämnat in en ansökan om att ansluta sig, vilket medlemsländerna väntas ta ställning till.
Iran ansökte om medlemskap i SCO redan 2008, men processen sinkades av sanktionerna som stora delar av omvärlden införde gentemot landet som straff för dess kärnenergiprogram. Flera SCO-länder var negativt inställda till att ha ett så pass sanktionerat land under sina vingar.
Att även Ryssland nu också drabbats av västerländska sanktioner har fört de två länderna närmare varandra, säger Raisi under mötet med Putin.
– Relationerna mellan länder som sanktioneras av USA, så som Iran, Ryssland eller andra länder, kan övervinna många problem och bli starkare, fortsätter han.
Fler bilaterala möten
Ett större samarbetsavtal kommer snart att slutas mellan Iran och Ryssland, meddelar Putin.
Den ryske presidenten väntas också träffa Pakistans premiärminister Shehbaz Sharif. Under fredagen möter han Indiens premiärminister Narendra Modi samt Turkiets Recep Tayyip Erdogan.
Xi Jinping å sin sida ska under torsdagen möta bland andra Belarus president Aleksandr Lukasjenko.
Fredagen väntas annars bli den stora dagen i Samarkand, när samtliga närvarande ledare möts.
