Polisario kämpar för att Västsahara, som ockuperas av Marocko, ska kunna bestämma sitt eget öde. Senaste årets upptrappning mellan parterna har försämrat läget i regionen, enligt en FN-rapport.
"Återupptagandet av fientligheter mellan Marocko och Polisario är ett stort bakslag mot att uppnå en politisk lösning", säger generalsekreteraren Guterres i rapporten som ännu inte publicerats men som nyhetsbyrån AFP tagit del av.
"Det finns en uppenbar risk för upptrappning under tiden som fientligheterna fortsätter", fortsätter han.
Han uppmanar därför parterna på båda sidor av konflikten att lugna ned situationen och "omedelbart upphöra med fientligheterna".
1975 utbröt ett krig mellan Polisario och Marocko om Västsaharas status. Ett FN-initiativ om eldupphör godtogs 1991 men konflikten har fortsatt att puttra.
Guterres noterar i rapporten att Polisario sedan ett knappt år tillbaka inte längre känner sig bundet att upprätthålla vapenvilan.
Polisario stödjer världssamfundets långvariga plan på en folkomröstning i Västsahara. Marocko, som kontrollerar över två tredjedelar av den tidigare spanska kolonin, har föreslagit att Polisario ska få självbestämmanderätt – men under marockanskt styre.