Opus Dei fick under påve Johannes Paulus II en särställning inom den katolska kyrkan och blev en stor maktfaktor som successivt ökat sin makt.
Organisationen arbetar internationellt och lyder direkt under påven, vilket lett till en mytologisering av gruppen och att många rykten om dess verksamhet spritts.
Förändringarna är en del av påve Franciskus försök att modernisera kyrkan och införa större transparens, meddelar Vatikanen.
Reformerna för Opus Dei innebär bland annat att dess ledare inte längre ska utses av en biskop och att den ska rapportera till en grupp inom kyrkan, samt att de nu måste avlägga rapport om sin verksamhet varje år i stället för som tidigare var femte år.
Opus Deis talesperson Manuel Sanchez säger att organisationen inte ser påvens beslut som en degradering.
– Vi är inte intresserade av sådant resonemang, för en katolik finns det inte någon anledning att tala i termer om makt eller världsliga kategorier.
Opus Dei grundades 1928 av den spanske prästen Josemaría Escrivá de Balaguer, som helgonförklarades 2002.
Organisationen har i dag omkring 90 000 medlemmar över hela världen.