Den 86-årige påven kommer i stället att följa ceremonin från sin bostad Casa Santa Marta i Vatikanen.
"Med anledning av de senaste dagarnas intensiva kyla kommer påve Franciskus att följa kvällens korsvägsandakt från Casa Santa Marta och delta i bönen tillsammans med Roms stift och de som samlats vid Colosseum", skriver Vatikanen i ett uttalande på fredag.
Nattemperaturerna är ovanligt kalla i Rom för årstiden och efter mörkrets inbrott har de krupit ner till endast fyra plusgrader, skriver AP.
Tusentals troende brukar närvara i korsvägsandakten och i år blir det första gången sedan han blev påve för tio år som Franciskus inte deltar i ceremonin på plats.
Påven har haft tilltagande hälsoproblem den senaste tiden, och han lider av kronisk knäsmärta. Den 1 april skrevs han ut från ett sjukhus i Rom efter att under tre dygn behandlats med antibiotika mot luftrörskatarr.
Korsvägsandakten hedrar minnet av de 14 stationerna för Jesu lidande och död i Golgata, från hans fördömelse till hans begravning. Utomhusceremonin äger rum utanför den klassiska amfiteatern Colosseum i Rom.
På söndag väntas Franciskus leda den traditionsenliga påskmässan på Petersplatsen.