Lagar som kriminaliserar homosexualitet är orättfärdiga, säger den 86-årige påven i en intervju med den amerikanska nyhetsbyrån AP.
– Att vara homosexuell är inget brott, säger Franciskus.
Samtidigt vidhåller han att samkönade relationer utgör en "synd".
– Det är inget brott, nej, men det är en synd. Låt oss skilja på en synd och ett brott, säger han och tillägger:
– Det är också en synd att inte visa barmhärtighet gentemot varandra.
"Omvandlingsprocess"
I upp emot 70 länder och rättsväsenden runt om i världen är samkönade sexuella relationer förbjudna enligt lag. I elva av dem finns dödsstraff i straffskalan. Påve Franciskus är medveten om att katolska företrädare världen över stöttar lagar som brottsstämplar, diskriminerar och stigmatiserar hbtq-människor, säger han.
– Dessa biskopar måste genomgå en omvandlingsprocess, säger påven.
FN har upprepade gånger uppmanat omvärlden att skrota lagar som kriminaliserar homosexualitet. Påve Franciskus säger till AP att den katolska kyrkan kan och bör arbeta för att förpassa sådana lagar till historieböckerna.
Med hänvisning till den katolska kyrkans katekes säger påven att homosexuella måste välkomnas och respekteras.
– Vi är alla Guds barn, och Gud älskar oss som vi är och för den styrka med vilken vi alla kämpar för vår värdighet, säger han.
Samkönade får inte vigas
Sedan påve Franciskus, ursprungligen från Argentina, valdes till påve Benedictus efterträdare 2013 har han upprepade gånger sträckt ut en hand till hbtq-samhället. Redan under sitt första år som den katolska kyrkans överhuvud skapade han rubriker när han svarade "vem är jag att döma?" på frågan om en påstått homosexuell präst.
Samtidigt har Franciskus hållit fast vid att äktenskap är en institution förbehållen man och kvinna, något som mötts av hård kritik från människorättsorganisationer och katolska hbtq-personer.
2008 vägrade Vatikanen att skriva under en FN-deklaration som manade till en avkriminalisering av homosexualitet. Deklarationen innehöll formuleringar kring "sexuell orientering" och "genusidentitet" som kyrkan ansåg problematiska, hette det då.