Vatikanen bekräftade på torsdagen att Kanadaresan blir av.
På grund av svåra smärtor i sitt högra knä ställde den 85-årige påven nyligen in en sedan länge planerad resa till den afrikanska kontinenten.
Vatikanen tillkännagav redan i maj att påven skulle besöka Kanada mellan den 24 och 29 juli, men på grund av det onda knäet har det varit tveksamt om resan skulle bli av.
Enligt det ursprungliga programmet ska Franciskus besöka Edmonton, Quebec och Iqaluit under sin vistelse.
Tidigare i år bad Franciskus om ursäkt för övergreppen och uttryckte "sorg och skam" över bristen på respekt för ursprungsbefolkningars identitet, kultur och andliga värden.
Sedan i maj i fjol har man i Kanada hittat över 1 300 omärkta gravar vid internatskolor. Flertalet skolor drevs av katolska kyrkan på uppdrag av de kanadensiska myndigheterna, med det uttalade syftet att "assimilera" barnen.
Cirka 150 000 barn från ursprungsbefolkningen i Kanada tvingades gå i skolorna mellan 1831 och 1996. Där utsattes många av dem för vanvård och övergrepp, enligt en sanningskommission.