De tre har på eget bevåg sagt upp sig och kommer att återvända till Schweiz, uppger gardet.
Ytterligare tre vakter ur gardet har tillfälligt stängts av i avvaktan på att de ska vaccineras.
Huvuduppgiften för schweizergardet är att skydda påven.
Påven Franciskus är en stark förespråkare av coronavaccinet och har tidigare uttryckt att han inte förstår varför man väljer att inte ta sprutan.
I mitten av september sade påven att de flesta inom Vatikanen är vaccinerade mot covid-19 – men att det finns en liten grupp motståndare, som man försöker "hjälpa".
För att bli schweizergardist måste man vara schweizisk medborgare, man, praktiserande katolik, ogift och mellan 19 och 30 år gammal, ha genomgått en omfattande militär utbildning samt vara beredd att stanna i tjänst i 26 månader.