Uttalandet kom vid en ceremoni i delstaten Quintana Roo i sydöstra Mexiko på måndagen, där även grannlandet Guatemalas president Alejandro Giammattei deltog.
– Vi ber Mayafolket å det uppriktigaste om ursäkt för de fruktansvärda övergrepp som begicks av enskilda personer och av nationella och utländska myndigheter under erövringen, under tre århundraden av kolonialt styre och under två århundraden som ett självständigt Mexiko, sade president Andrés Manuel López Obrador.
Presidenten hänvisade särskilt till Kastkriget i Yucatán mellan 1847 och 1901, då ursprungsbefolkningen gjorde uppror mot kolonialmakten och runt 250 000 människor uppskattas ha mist livet.
Även Guatemala har en stor Mayabefolkning och landets president Giammattei framförde att dåtidens förtryck som slaveri och krig i dag har bytt skepnad och kommer i form av våld och migration.
– Vi fortsätter att förlora människoliv – numera på grund av organiserad brottslighet, undernäring och sökandet efter nya möjligheter som så många människor letar efter långt borta, sade Giammattei.
Under ceremonin hördes hånfulla kommentarer för invånare som motsätter sig López Obradors så kallade "Mayatåg", en järnväg som är tänkt att koppla ihop populära semesterorter med gamla arkeologiska platser. Kritikerna menar att järnvägen kommer att skada miljön och förstöra ursprungsbefolkningens samhällen.