Byggnaden började skaka vid ettiden, vilket fick hundratals skräckslagna människor att springa mot utgångarna.
Skyskrapan, som inrymmer en av staden Shenzhens största teknikmarknader, stängdes helt och ingenjörer har kopplats in för att utreda händelsen.
– Efter att ha analyserat data från mätinstrument för jordbävningar kan vi konstatera att det inte har varit någon jordbävning, säger en talesperson om händelsen.
Det ska inte heller ha funnits några sprickor i marken runt byggnaden, och inga skador på fasaden uppstod.
De kraftiga skakningarna ska ha upphört efter utrymningen men skyskrapan som kallas SEG Plaza är fortsatt stängd. Debatt på kinesiska sociala medier har uppstått kring om byggnaden bör återöppnas eller inte.
Amerikanska konsulatet har avrått från att röra sig i närheten av tornet.