"Vi kommer nu officiellt att benämna händelserna för vad de från dagens perspektiv är: Folkmord", säger utrikesminister Heiko Maas i ett uttalande, enligt AFP.
Kolonialstyret i vad som då hette Tyska Sydvästafrika i början av 1900-talet i nuvarande Namibia är ett mörkt kapitel i världshistorien.
Tiotusentals människor ur herero- och namafolken dödades mellan 1904 och 1908, i ett folkmord vars grymheter vissa ser som en makaber inspirationskälla till Förintelsen några decennier senare.
Tvingade ut i öknen
Det systematiska dödandet inleddes efter att herero- och namafolken lett ett uppror mot tyska land- och boskapskonfiskeringar.
Upproret fick tysken Lothar von Trotha, kolonins överstebefälhavare, att utfärda en order om att de båda folkgrupperna skulle fördrivas från sina hem och ut i öknen.
De människor som försökte återvända till sina byar dödades eller skickades till koncentrationsläger.
Diplomatisk kyla
Det tyska kolonialstyret över Namibia varade mellan 1884 och 1915. Än i dag kastar epokens blodighet långa skuggor över den diplomatiska relationen mellan de två länderna.
Under de senaste fem åren har dock steg tagits av Tyskland för att förbättra relationen. 2016 meddelade Tyskland att man planerade en formell ursäkt för folkmordet.
2018 lämnade Berlin även tillbaka kvarlevor, bland annat kranium, från människor som dödats under kolonialstyret. Kvarlevorna togs ursprungligen till landet för att användas i rasbiologiska "undersökningar".
Bistånd och ursäkt
I dag kom slutligen den formella ursäkten:
"I skenet av Tysklands historiska och moraliska ansvar ber vi Namibia och offrens ättlingar om ursäkt för de grymheter som begicks", säger Maas.
Tysklands president Frank-Walter Steinmeier uppges i tyska medier planera att resa till Namibia för att framföra ursäkten personligen. Det har dock ännu inte bekräftats officiellt.
Tyskland förbinder sig nu att ge Namibia 1,1 miljarder euro i bistånd, pengar som ska betalas ut över 30 år och främst gå till ättlingar till herero- och namafolken.
"Steg i rätt riktning"
Namibia välkomnar det tyska erkännandet av folkmordet.
– Det är ett första steg i rätt riktning, säger en talesperson för president Hage Geingob till nyhetsbyrån AFP.
Flera ättlingar till de som dödades under kolonialåren har dock uttryckt skepsis mot biståndet.
En av dessa är hererostamledaren Vekuii Rukoro, som säger till nyhetsbyrån Reuters att ursäkten och biståndet inte utgör tillräcklig kompensation för de "oåterkalleliga skador" som kolonialstyret innebar för folkgrupperna.
– Vi har ett problem med den här typen av överenskommelse, som vi upplever som ett pengadrivet svek från den namibiska regeringens sida, säger Rukoro.