Fångarna hittades i torsdags döda i cellen som de delade. De ingick i en större grupp på 58 misstänkta Boko Haram-medlemmar som fängslades vid en militäroffensiv i gränsområdet vid Tchadsjön. Vid obduktion av fyra av de döda hittades spår av en dödlig substans som kan framkalla hjärtinfarkt eller kvävning, enligt chefsåklagare Youssouf Tom.
Justitieminister Djimet Arabi säger till AFP att en utredning av dödsfallen har inletts. De 14 överlevande fångarna kommer att förhöras.
Medborgarrättsgrupper kräver svar och oppositionspolitiker kräver en oberoende granskning.
– Det är ett allvarligt övergrepp mot mänskliga rättigheter. När en avväpnad fiende står under din kontroll måste han åtnjuta totalt humanitärt skydd, säger Jean Bosco Manga från en lokal medborgarrättsrörelse.
Bulama Bukarti, expert på den terrorstämplade jihadistgruppen Boko Haram, säger att fångarna kan ha valt att ta gift för att undvika förödmjukelsen att ställas inför rätta. Några tidigare kollektiva självmord har dock inte rapporterats.
Bukarti spekulerar också kring möjligheten att fångarna förgiftats som hämnd för att 98 tchadiska soldater dödades i en attack vid Tchadsjön i mars.
Ett tredje möjligt scenario som utmålas av Bukarti är att fångarna aldrig var så många från början, utan att Tchad överdrev antalet gripna.
– Enda sättet att rädda ansiktet i det fallet vore att koka ihop en historia som den här, säger han.