"Social distansering? För vem? Det är otroligt att de fattiga inte är värda någonting, ens under en pandemi", skriver vänsterpolitikern Fábio Felix på Twitter.
Minst tio personer uppges ha skjutits ihjäl under räden som riktades mot misstänkta narkotikabrottslingar.
Invånare i Rios fattiga delar har klagat över att de får för lite hjälp från myndigheterna för att minska spridningen av coronaviruset men att våldsamma polisinsatser fortfarande regelbundet förekommer.
Myndigheterna i Brasilien, med president Jair Bolsonaro i spetsen, har uppmuntrat polisen att använda dödligt våld. I Rio de Janeiro dödades 1 810 personer av polis i fjol, det högsta antalet sedan den sortens statistik började registreras 1998.
Över 1 500 dödsfall i Rio de Janeiro kopplas till covid-19 och mer än 11 200 personer bekräftas ha smittats i staden, uppger lokala myndigheter som påpekar att det sannolikt är en underskattning av virusspridningens omfattning på grund av brist på tester.
Över hela landet registrerades över 15 300 nya virusfall på fredagen samt 824 coronarelaterade dödsfall, enligt hälsomyndigheterna.
Totalt har Brasilien registrerat nära 220 000 insjuknade och över 14 800 döda.