Medan övriga truppen flög till Bratislava under lördagen, åkte 36-åringen i stället hem.
Svenska fotbollförbundet skriver att Linköpingsbacken valt att resa hem av familjeskäl. Det är oklart om Fischer kommer att ersättas i truppen.
Det är det andra avbräcket på kort tid. På fredagen meddelades att högerbacken Jessica Samuelsson lämnar truppen efter att ha fått en känning i baksida lår.
Sedan tidigare har också Juventus Lina Hurtig och Eskilstunas Loreta Kullashi lämnat återbud.
Sverige avslutar EM-kvalet borta mot Slovakien på tisdag.