I VM 2002 gjorde Papa Bouba Diop Senegals första VM-mål någonsin när han gjorde matchens enda mål i segern mot Frankrike. Han var också med i laget som slog ut Sverige i åttondelsfinalen i samma mästerskap.
Under sin karriär spelade Papa Bouba Diop i klubbar som RC Lens, Fulham, West Ham United och Birmingham City.