Atlas lämnade sitt besked i ett brev till presidenten.
Atlas tvingades i november att be om ursäkt, sedan han gjort en intervju med ryska RT.
RT, som tidigare kallades Russia Today, grundades av Kreml och har sedan tre år tillbaka stått listad som en så kallad utländsk agent, alltså en organisation kontrollerad av främmande makt. Något som Scott Atlas enligt egen utsago inte visste vid intervjutillfället.
Atlas, som är röntgenläkare och inte smittskyddsläkare, har tidigare ifrågasatts av flera ledande experter inom folkhälsa. USA:s mest kände smittskyddsläkare Anthony Fauci har uttryckt oro över kollegans kompetens i frågor som rör smittskydd.
Atlas har bland annat tonat ned vikten av munskydd och har beskrivit nedstängningar som ett episkt misslyckande för att få stopp på virusspridningen.