Han bröt höger ben efter att ha blivit tacklad av New Yorks Logan Ryan och samtidigt vridit till benet. Prescott fördes gråtandes av planen på bår.
27-åringen har haft en mycket bra säsong och ledde statistiken när det gäller passningsyards överlägset med 1 856 yards.
Dallas vann matchen med 37–34.