Downie, 29, hade hoppats få delta i ett tredje OS där hon skulle ha ställts mot bland andra svenskan Jonna Adlerteg, som också är specialist på barr. Men Downie blev inte ens uttagen som reserv och överklagan som hennes team gjorde godkändes inte.
"Det kom som en chock, men var ändå inte överraskande med tanke på hur vi behandlats det här året", skriver Ellie Downie på Twitter.
Båda systrarna tävlar i gymnastik och har det senaste året berättat om de känslomässiga ärr som de bär på från sina karriärer, och har sagt att kränkningar inom gymnastikträning är ingrott och helt normaliserat.
Gruppen Gymnasts for change tror att det kan vara ett skäl till att Becky Downie inte får en OS-biljett.
"Att Becky kritiserade brittisk gymnastikkultur i fjol är ganska lätt att anta vara det som ligger bakom deras skäl till att effektivt avsluta Becky Downies karriär. Det kan också vara en olycksbådande varning till dem som vill tala ut i framtiden", skriver gruppen i ett uttalande.
Gymnastikförbundets tävlingsdirektör James Thomas säger att beslutet baserades enbart på meriter.
Varken Becky eller Ellie Downie deltog i det brittiska OS-kvalet tidigare i våras eftersom deras 24-årige bror Josh fick en hjärtattack och avled. Gymnastikförbundet gick då med på att skjuta fram OS-uttagningen till i juni.
Adlerteg slipper ändå inte ett hårt brittiskt motstånd. Uttagna Amelie Morgan tog EM-brons i barr tidigare i år, då Adlerteg kom sexa.