Maratonloppet skulle ha gått i april, men sköts först upp till september.
"Det finns ingen möjlighet att hålla sig till det vanliga tävlingsformatet utan att samla ett stort antal människor", säger Bostons borgmästare Marty Walsh, som tillägger att det inte är realistiskt med den här typen av evenemang "någon gång under det här året".
Boston Marathon har genomförts varje år sedan 1897 vilket gör att loppet har den längsta sviten av alla årliga maratonlopp i världen.
Två andra stora maratonlopp i USA, i Chicago och New York den 11 oktober respektive 1 november, står kvar i kalendern. London Marathon har skjutits fram till oktober medan Tokyo Marathon genomfördes med endast ett kraftigt reducerat startfält elitlöpare. Berlin Marathon, som skulle ha gått i september, har också ställts in.