Smeknamnet har funnits med i 105 år. Att det nu tas bort kommer efter år av kritik från bland annat amerikanska ursprungsbefolkningsgrupper om att det är rasistiskt.
"Det är ett pålitligt antal människor i den här gemenskapen som är upprörda av vårt namn, och sårade av vårt namn, och det finns ingen anledning för vår klubb att bära ett namn som är splittrande", säger klubbägaren Paul Dolan till MLB.com.
En som inte gillar namnbytet är USA:s president Donald Trump.
"Oj nej! Vad är det som händer? Det här är inte goda nyheter, inte ens för 'Indianer'", skriver han på Twitter.
MLB-laget uppgav tidigare i ett uttalande att man skulle prata med företrädare för berörda grupper om vad som är bäst väg framåt.
"Den senaste tidens oro i vårt samhälle och i vårt land har bara förstärkt vårt behov av att bli bättre som organisation när det gäller frågor om social orättvisa", skrev klubben tidigare i år.
"Indians" blir kvar som namn till dess att ett nytt namn valts, och diverse varumärkesfrågor har lösts. Ett byte sker tidigast 2022.
NFL-laget Washington beslutade sig tidigare för att ta bort smeknamnet Redskins.