24-åringen vann två etappsegrar under tävlingens gång och var till slut 89 sekunder före hemmahoppet Damiano Caruso i sammandraget.
Trea blev britten Simon Yates.
Segern i girot var ett skönt besked för Ineos-stjärnan Bernal som i fjol floppade när han tvingades hoppa av Tour de France.
– Maglia Rosa (den rosa ledartröjan) är speciell. Det här det vackraste loppet, på världens vackraste plats. Jag kommer aldrig glömma det här girot, säger Egan Bernal efter segern.