Kenyanen tvingas lämna återbud på grund skador.
– Jag har inte kunnat springa på bana på länge och därför kommer jag inte att vara i form för att försvara min titel i Tokyo, säger Rudihsa.
– Sånt är livet. Så är det med idrott och som idrottsman måste man acceptera motgångar och utmaningar. Det går inte att lösa allt, inte ens skador, fortsätter han.
Rudisha var inblandad i en allvarlig bilolycka för två år sedan och i maj i fjol skadade han vänstra vaden.
32-årige Rudisha satte världsrekord när han ledde från start till mål i OS-finalen i London 2012. Fyra år senare tog han sitt andra OS-guld och det har även blivit två VM-guld.