"I ett försök att prata om respekt, enhet och solidaritet kring den amerikanska flaggan och nationalsången kom jag med kommentarer som var okänsliga och helt missade frågorna vi står inför som land" skriver han på Instagram.
"Jag inser att jag borde prata mindre och lyssna mer... Och när det svarta samhället pratar om deras smärta måste vi alla lyssna. För det är jag mycket ledsen och jag ber er om förlåtelse."
Brees första kommentarer innebar att idrottens protester mot polisbrutaliteten i USA, efter att George Floyd dödades av en polis som tryckte sitt knä mot nacken på honom, fick en ny vändning – och att ilskan vändes mot NFL-stjärnan.
"WOW man!! Du fattar visst fortfarande inte varför Kap knäböjde?? Har absolut inte med respektlöshet mot flaggan att göra eller våra soldater. Min svärfar var en av dem", skriver basketstjärnan LeBron James på Twitter.
New England Patriots-tvillingarna Devin och Jason McCourty tycker att Brees kommentar är "en skam".
"Du pratar om dina mor- och farföräldrar som om det inte var några svarta män som slogs sida vid sida med dem. De männen som återvände till ett land som hatade dem. Försök inte undvika frågan genom att göra det till en fråga om flaggan eller militären", skriver de på Twitter.