Tävlingen, som planerades till den 18-23 april, skulle ha fungerat som det slutgiltiga kvalet till OS i Tokyo, och även som en testtävling inför sommarens spel.
BBC har tagit del av ett brev där Fina även kritiserar den japanska regeringen för att inte ha "vidtagit alla nödvändiga åtgärder för att säkerställa en rättvis och framgångsrik tävling". Det handlar bland annat om att flera aktiva ännu inte fått visum samt ökade kostnader relaterade till covid-19, som Fina har ombetts stå för.
"Fina beklagar verkligen situationen. Trots alla ansträngningar och förståelse var ledningen tvungna att fatta det här drastiska beslutet", står det i brevet.
Enligt BBC försöker Fina nu hitta ett nytt datum och en ny plats för tävlingen.