Enligt ett pressmeddelande fattades beslutet på FIS konferens under dagen och grundar sig i "total brist på tillit" till Lewis.
55-åriga brittiskan har varit förbundets generalsekreterare sedan 2000. Det är ännu inte klart varför hon tvingas lämna sin post.
– Det här är en personalfråga internt i FIS. Jag har ingen ytterligare kommentar utöver det som framkommer i pressmeddelandet, säger norske längdskidchefen Erik Röste, som också sitter i FIS styrelse, till nyhetsbyrån NTB.
Lewis namn har förekommit i spekulationerna om vem som ska ta över presidentposten i FIS efter Gian-Franco Kasper, som lämnar sin post i samband med FIS kongress som är planerad till juni nästa år.